Perlami Velkého Javoru jsou dvě ledovcová jezera - Velké a Malé Javorské jezero. Obě jezera jsou zhruba 10 000 let stará.
Velké Javorské jezero leží na německé straně Šumavy na jihovýchodním svahu Velkého Javoru. Je nejníže položeným šumavským jezerem - 934 m. Jezero je odvodňováno do Dunaje Javorským jezerním potokem (Arberseebach) a Řeznou. Nad západním břehem jezera se tyčí impozantní 360 m vysoká jezerní stěna se skalními kaskádami a malými vodopády. Nachází se tady taky jeden z nejpůsobivějších zbytků pralesa v Bavorském lese.
Malé Javorské jezero se rozprostírá na severním svahu Malého Javoru ve výšce 925 m. Z jezera vytéká Jezerní potok do Bílé Řezné. Dno jezera je rašelinné.
Na obou vodních plochách jezer jsou jedinečné plovoucí ostrůvky.